勞動基準法第38條第2項規定，特別休假期日由勞工排定。但雇主基於企業經營上之急迫需求或勞工因個人因素，得與他方協商調整。所以特別休假屬於勞工的權利，勞工可以自行排定休假日期，雇主原則上應予尊重，除非有企業經營上的急迫需求才可拒絕。然而如果勞工已經事先排定特別休假，遇到天然災害如颱風而放假，此時應該如何處理；若是讓勞工請休特別休假，在颱風假勞工免出勤義務之下，勞工難免有被吃掉一天特休假的感覺，況且颱風假法令沒有強制雇主一定要支付薪水，這時應該怎麼辦呢?
針對勞工事前已請特別休假，遇颱風天無須出勤可否跟公司提出銷假此問題，勞動部認為依照勞動基準法施行細則第7條規定，工作場所及應從事之工作、請休假等有關事項，應由勞雇雙方於勞動契約中約定並依約履行。颱風來襲勞工可不出勤之日非屬例(休)假性質，該日如勞工原已排定請(休)假，是否應予銷假，法無明文規定，應由勞雇雙方協商議定。
由此可知，當特別休假剛好遇到「颱風假」時，法律並沒有明文規定必須自動銷假或延後。依據勞動部的解釋，這種情況通常有以下幾種處理方式：
首先已排定的特休假仍然有效，特休假是一種「形成權」，只要勞工提出並獲准，就會生效，不需要雇主再同意。即使遇到颱風假，法律上並不會自動取消。其次勞資雙方可協商，若勞工希望保留特休假天數，可以與公司協商「銷假」，改成請颱風假。公司是否同意則取決於公司工作規則或勞資協議。最後公司內部規則優先，若企業內部有明確的工作規則或管理辦法，通常會依照該規則處理，例如是否允許員工在颱風假期間取消已排定的特休。
關於實務上的參考，如果勞工不主動提出銷假，特別休假就會照常扣除，即使當天因颱風停班。若勞工希望保留特休，應盡早與公司提出「銷假」或「改期」的申請。雇主若同意，則颱風假當天不會扣除特休天數。簡單地說，特別休假由員工排定，但遇到颱風假時，是否能取消或改期，必須透過勞資協商，法律並沒有強制規範。如果勞工請特休當日薪資照常發給，如果改為颱風假則看公司規定有無薪水。
必須注意的是，雇主不能因為颱風假扣勞工特休。在颱風發生時，如果工作地或居住地的政府宣布停班，勞工可以不出勤，雇主也不得要求勞工以事假或特別休假來抵充颱風假，並且不得扣發工資或給予不利處分。因此，雇主在颱風假期間不得強迫勞工使用特別休假來抵充颱風假。
