全勤獎金在實務上一直是雇主管理勞工出勤之重要手段，多數公司對於全勤獎金的訂定採取只要員工請一天病假獎金便會被完全取消的制度。我國勞動法實務上可扣全勤獎金的假別為事假和普通傷病假；然而為周延保障勞工請病假權益，避免雇主利用全勤獎金制度造成勞工恐懼請假，勞工請假規則第9條第2項規定，如事業單位訂有全勤奬金制度，在扣除全勤奬金的限度上，應採取明確的「比例原則」概念，規範僅得按請假未出勤日數比例扣除，不能全數扣除。
勞工請假規則第9條第2項規定：「勞工請前項第二款以外之普通傷病假，其全勤獎金之扣發，應按請普通傷病假日數依比例計算。但勞雇雙方另有優於法令之約定者，從其約定。」該規定的重點在於勞工請病假雇主僅得按請假日數比例扣發全勤獎金，以往企業時常在工資結構中設定一筆全勤獎金，比如一個月3000元，一旦勞工請普通傷病假，這筆全勤獎金就全部領不到；然而勞工全勤獎金屬於工資的一部分，不應全有或全無、不能違反比例原則，請病假時應按比例扣除，該項新制度預定2026年1月1日施行。
舉例而言，假設勞雇雙方約定每月正常工時工資為新臺幣(下同)33,000元，其中3,000元為全勤獎金，勞工於某一個月請病假一天，其他工作日皆有出勤，則該月全勤獎金之扣除不得超過100元(3,000元÷30天)。同理，如果公司有名稱不同(比如績效奬金)但理念相同，單純以勞工出缺勤狀況做為發給標準，而與「全勤奬金」性質相同，也會以相同的處理原則看待，也會有《勞工請假規則》第9條第2項規定的保障。
至於團體協約是否可約定勞工請病假，即不發給全勤奬金；依照團體協約法第3條規定，團體協約違反法律強制或禁止之規定者，無效。勞工請假規則是勞動基準法第43條授權訂定的法規命令，團體協約不得違反勞工請假規則第9條有關全勤奬金發給之規定，因此，團體協約不得約定勞工請病假即不發給全勤奬金。另依團體協約法第19條規定：「團體協約所約定勞動條件，當然為該團體協約所屬雇主及勞工間勞動契約之內容。勞動契約異於該團體協約所約定之勞動條件者，其相異部分無效；無效之部分以團體協約之約定代之。但異於團體協約之約定，為該團體協約所容許或為勞工之利益變更勞動條件，而該團體協約並未禁止者，仍為有效。」因此，工會如與雇主另為協商約定請病假扣除全勤奬金內涵或方式，且未不利於勞工或優於法令，則可從其約定。